Mikroorganismide kollektsioon
Elurikkuse seisukohalt unikaalne mikroorganismide kollektsioon asutati 1949. aastal endises Maaviljeluse ja Maaparanduse Teadusliku Uurimise Instituudi (EMMTUI) mikrobioloogia ja agromullateaduse laboris. Täna jätkab seda tööd Põllumajandusuuringute Keskus (PMK).
Mikrobioloogilise kollektsiooni kasutusteenus, sh säilitamine ja täiendamine on vajalik teadus- ja rakendusuuringute tegemiseks.
Mitmed mikrobioloogia valdkonna analüüsid kuuluvad ka kvalitatiivsete analüüside valdkonda, seega kasutatakse kollektsiooni näidiseid ka järelevalve käigus tehtavate analüüside võrdlusmaterjalina.
PMK kollektsioon sisaldab 564 liiki baktereid, pärmseeni, hallitusseeni ja söögiseeni:
- 193 bakterikultuuri
- 45 pärmikultuuri, sh veini- kui ka õllepärmid
- 324 seenekultuuri, sh söögiseened
- 2 aktinomütseetide kultuuri
Seentest on esindatud 12 erinevat söögiseent (Agaricales ehk šampinjonilaadsed):
- Agaricus bisporus (isolaadid 536, 522, 526) Aedšampinjon
- Agaricus arvensis (isolaat 521) Aasšampinjon
- Flammulina velutipes (isolaadid 520, 468, 563, 519) puidu-sametkõrges, enokitake, enoki seen
- Ganoderma lucidum (Leyss.ex.Fr.) Karst (isolaat 549) punane reishi ehk lakkvaabik
- Hericium erinaceus (isolaat 570) lõvilakk-korallnarmik
- Hypsizygus marmoreus (isolaat 545) buna shimeji söögiseen
- Lentinus edodes (isolaadid 527, 558, 559, 562, 566, 567, 569) shiitake
- Macrolepiota procera (isolaat 538, 544) suur sirmik
- Pleurotus citrinopileatus (isolaat 548) kuldne servik
- Pleurotus djamor (isolaat 547) roosa servik
- Pleurotus ostreatus (isolaadid 512, 513, 514, 516, 517, 525, 532, 564, 565, 3043, 3044) austerservik
- Pleurotus eryngii (isolaat 556, 568) kuningservik
Kultuure säilitatakse vitriinkülmikutes kaldagaritel ja ka - 80 kraadi juures sügavkülmikus.
Kollektsiooni säilitamiseks ja korrastamiseks tuleb iga-aastaselt teatud osa säilikuid ümber külvata. PMK teeb kollektsiooni korrastamine, säilikute identifitseerimine, kvaliteedi ja elujõulisuse kontrolli ning info levitamise osas koostööd Tartu Ülikooli, Eesti Maaülikooli ja Tallinna Botaanikaaiaga.
Mikroorganismide kollektsiooni säilitatakse PMK taimetervise ja mikrobioloogia laboris.
Rohkem info: Helena Lasner, labori juhataja, e-post helena.lasner[a]pmk.agri.ee
Kollektsiooni loomisest ja säilitamisest aastel 1949-2015
EMMTUI mikrobioloogia ja agromullateaduse laboris, aastal 1949 olid esimesteks säilitatavateks kultuurideks mügarbakterid (Rhizobium).
Alates sellest ajast oli kollektsiooni säilitatud edasikülvamise meetodil. Kuna kollektsioon on oma olemuselt väärtuslik, tekkis vajadus leida efektiivsem meetod selle säilitamiseks ja sellega seoses ka kontrollimiseks. Kollektsiooni korrastamist alustati mügarbakteritest, kuna need on põllumajanduslikus mõttes kõige väärtuslikumad.
Tööd bakterkultuuridega alustati 2011. aasta jaanuaris, millesse on kogu PMK taimetervise ja mikrobioloogia labori personal andnud oma panuse.
Rhizobium´ite tüvede molekulaarsete 16-S rRNA järjestuse põhjal FERA-s (The Food and Environment Research Agency, York, Inglismaa) tehtud analüüsitulemuste põhjal on koostatud fülogeneesipuu.
2014-2015 töötas PMK kollektsiooniga Tallinna Tehnikaülikooli Geenitehnoloogia instituudi tudeng Veronika Timarova, kes kirjutas oma eksperimentide põhjal oma magistritöö teemal "Fusarium ja Aspergillus liikide toksilisuse hindamine". Juhendajateks: Anu Aasapõllu Molekulaardiagnostika õppetooli vanemteadur Tallinna Tehnikaülikool, Helena Lasner ja Maria Gusina Põllumajandusuuringute Keskusest.
Mikroorganismide kollektsioonile lisaks on PMKl töökollektsioon bakteritest ja viirusmaterjalist, mida on erinevatest kollektsioonidest soetanud (tihti LOA-Letter of Authority alusel). PMK kasutame kollektsiooni positiivse referentsmaterjalina.
Lisaks on PMKl entomoloogiline kollektsioon, mis on samuti tekkinud aastatepikkuse praktika käigus.
